하지만 국정원의 해명에도 불구하고 실소유주 의혹은 가라앉지 않고 있다. 국정원은 세월호 보안측정 요청을 받아 지난 3월 18일부터 20일까지 실시했다고 했는데 해당 문건이 작성된 시점은 세월호 출항 16일 전인 2월 27일이다. 이 대목부터 우선 해명해야 될 것으로 보인다.

항해사 B씨는 “CCTV 설치 문제나 탈출시 동선에 방해되는 조정 문제 역시 선박 운항팀에서 관리돼야 할 문제”라고 반박했다.

신경민 새정치민주연합 최고위원은 28일 긴급의원총회에서 “왜 세월호가 국정원 인천 제주지부에 제일 먼저 보고하게 돼있나. 내용과 정황을 보면 국정원이 (세월호의)소유주처럼 행동하고 있다”고 지적했다.

통합진보당도 논평을 통해 “국정원은 보안업무 규정에 따라 3월18일부터 20일까지 보안측정을 한 것뿐이라고 발뺌했지만 지적사항 문서는 2월에 작성된 것이었다”며 “국정원의 잇따른 거짓말이 거꾸로 세월호-국정원 커넥션의 가장 확실한 증거가 되고 있다”고 밝혔다.

새누리당은 국정원의 해명을 내세우며 야당이 정치적 공세를 펴고 있다고 반박했다.

윤영석 원내대변인은 브리핑을 통해 “‘선내 여객구역 작업예정 사항’이라는 제목 옆에 국정원 지적사항이라고 쓰여 있는 것을 두고, 국정원이 세월호 운영 및 증·개축에 관여한 것이라고 연일 근거 없는 의혹을 제기하고 확산시키고 있다”고 말했다.

그는 “해당 문건은 국정원이 전시동원대상인 국가보호장비로 지정된 세월호 등 민간 선박 수십척과 민간항공기 백수십대를 국정원, 해운항만청, 인천항만공사, 해운조합 등 5개 기관들이 공동으로 2월 26일부터 27일까지 진행한 예비조사 과정에서 작성된 것”이라는 국정원의 해명을 강조했다.

이어 그는 “새정치연합에서 계속 문제를 제기하는 것은 이번 재·보궐선거를 앞두고, 지난 대선 때처럼 근거 없이 국가기관을 흔들고 의혹을 증폭시켜 정치적 이익을 거두려는 의도 때문이 아닌지 매우 의심스럽다”고 주장했다.

국정원의 세월호 실소유주 의혹은 사실로 드러날 경우 박근혜 정권에게 치명타가 될 수 있는 사안이다. 청해진 해운과 국정원의 관계부터 시작해 사고 당일 항해 당시 국정원이 어디까지 개입했는지 관련 의혹이 확산될 수밖에 없다. 적어도 ‘국정원 지적사항’ 문건이 작성된 경위와 다른 선박의 경우 국정원 통제 범위 등에 대해 조사해야 한다는 주장이 나오는 이유다.

새정치민주연합은 29일 국회 정보위원회를 소집해 국정원을 상대로 긴급현안 질의를 요구하겠다고 밝혔다.